적격 인적분할로 받은 주식을 양도하면 취득가액은 어떻게 계산할까?

대법원 2026. 6. 5. 선고 2025두35546 판결의 핵심

회사가 적격 인적분할을 하면 기존 주주는 분할신설법인의 주식을 받습니다. 이후 그 주식을 양도할 때 취득가액은 언제, 얼마로 계산해야 할까요?

최근 대법원은 이 문제에 관해 의미 있는 판단을 내렸습니다. 결론부터 말하면, 의제배당으로 과세되지 않은 적격 인적분할이라면 당초 분할법인 주식을 취득했을 당시의 기준시가를 출발점으로 삼아야 한다는 것입니다.

사건의 구조

주주들은 상장법인 X사의 주식을 취득했습니다. 이후 X사는 의류사업을 영위하는 존속법인 Y사와 부동산임대업을 영위하는 비상장 신설법인 Z사로 적격 인적분할되었습니다.

주주들이 분할로 받은 Z사 주식을 제3자에게 이전하자 양도소득세 문제가 발생했습니다. 거래가액을 확인하기 어려워 과세관청은 양도차익을 기준시가로 계산했습니다.

대법원의 결론

대법원은 특별한 사정이 없다면 다음과 같이 계산해야 한다고 판단했습니다.

적격분할은 세금을 면제하는 제도가 아니라 과세를 뒤로 미루는 제도입니다. 분할신설법인 주식을 받은 날의 가액을 새로운 취득가액으로 인정하면, 당초 주식 취득일부터 분할일까지 증가한 가치에 과세하지 못하는 공백이 생길 수 있습니다.

그런데 실제 취득금액 대신 기준시가를 써도 될까?

원칙적으로 주식의 양도가액과 취득가액은 실제 거래금액을 적용합니다. 따라서 실제 취득금액을 확인할 수 있다면 그 금액이 기본적인 취득가액입니다.

다만 이 사건은 실지거래가액을 확인하기 어려워 세법상 추계결정 규정에 따라 양도가액을 기준시가로 계산한 사례입니다. 당시 「소득세법」 제100조 제1항은 양도가액을 기준시가로 계산하면 취득가액도 기준시가로 계산하도록 하는 이른바 ‘동일기준 원칙’을 두고 있었습니다.

따라서 이 판결의 주된 쟁점은 실제 취득금액과 기준시가 중 어느 것을 선택할 것인지가 아닙니다. 이미 기준시가로 양도차익을 계산한다는 전제에서 어느 시점, 어느 법인 주식의 기준시가를 적용할지를 판단한 것입니다.

비상장주식의 ‘기준시가’란?

비상장주식에는 거래소의 종가나 공시가격이 없습니다. 이에 소득세법은 상속세 및 증여세법상 비상장주식 평가방법을 준용하여 계산한 과세용 평가액을 ‘기준시가’로 사용합니다.

따라서 상증법상 보충적 평가액과 소득세법상 기준시가는 개념적으로 완전히 같은 용어는 아니지만, 소득세법이 상증법상 평가방식을 끌어와 비상장주식 기준시가를 산정하는 관계에 있습니다.

이 사건의 분할신설법인은 사업개시 후 1년 미만 법인이었습니다. 이에 일반적인 순손익가치와 순자산가치의 가중평균이 아니라 당시 소득세법 시행령의 특례에 따라 순자산가치를 중심으로 기준시가를 산정했습니다.

실무적으로 구분해야 할 사항

정리

이번 판결은 “적격 인적분할로 취득한 주식은 언제나 기준시가를 취득가액으로 한다”는 의미가 아닙니다.

실지거래가액을 확인할 수 없어 기준시가로 양도차익을 계산해야 하는 상황에서, 적격분할로 이연된 자본이득을 누락하지 않기 위해 당초 분할법인 주식의 취득 당시 기준시가를 출발점으로 해야 한다는 판결입니다.

실제 사건에 적용할 때에는 거래 당시 법령, 실지거래가액의 확인 가능성, 추계결정의 요건과 적용 순서까지 별도로 검토해야 합니다.

※ 이 글은 판결의 주요 내용을 일반적인 이해를 돕기 위해 정리한 것입니다. 개별 거래에 대한 세무처리는 구체적인 사실관계와 적용 법령을 별도로 확인해야 합니다.

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