이번 보도자료를 읽을 때 가장 먼저 구분해야 할 것은 “합산배제”와 “과세특례”가 같은 제도가 아니라는 점입니다. 어떤 제도는 해당 부동산 자체를 과세대상에서 빼고, 어떤 제도는 1세대 1주택자로 계산해 주며, 또 어떤 제도는 중과세율을 판단할 때만 주택 수에서 제외합니다.
1. 종부세 특례는 먼저 네 가지로 나눠서 봐야 합니다
| 구분 | 핵심 효과 |
|---|---|
| 합산배제 | 일정한 임대주택, 사원용주택, 미분양주택, 주택신축용 토지 등을 종부세 과세대상에서 제외 |
| 1세대 1주택자 특례 | 일시적 2주택, 상속주택, 지방저가주택 등을 보유하더라도 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택자 계산방식 적용 |
| 세율 적용 주택 수 제외 특례 | 해당 주택은 과세대상에 포함되지만, 3주택 이상 중과세율 판단을 위한 주택 수에서는 제외 가능 |
| 부부 공동명의 1주택 특례 | 부부 공동명의 1주택을 신청에 따라 1세대 1주택 방식으로 계산 |
“주택 수에서 빼준다”는 말과 “종부세 과세대상에서 제외한다”는 말은 전혀 같은 의미가 아닙니다. 실무에서는 이 차이를 먼저 구분해야 합니다.
2. 합산배제는 해당 부동산 자체를 과세대상에서 빼는 제도입니다
대표적인 합산배제 대상에는 일정 요건을 충족한 임대주택, 사원용주택·기숙사, 주택건설업자의 미분양주택, 멸실예정주택 및 주택신축용 토지 등이 있습니다.
임대주택의 경우
과세기준일인 6월 1일 현재 실제 임대 중이어야 하며, 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록 등의 요건을 충족해야 합니다. 다만 6월 1일 현재 임대 중인 주택은 9월 30일까지 사업자등록을 하면 6월 1일 등록한 것으로 인정됩니다.
기존에 합산배제 신고를 했다고 해서 매년 무조건 다시 신고하는 것은 아닙니다. 소유권이나 면적 등 변동이 없으면 다시 신고할 필요가 없지만, 임대등록이 말소되거나 임대료를 5% 초과하여 인상하는 등 요건을 상실했다면 제외 신고를 해야 합니다.
주택신축용 토지의 경우
주택건설을 목적으로 취득한 토지는 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받아야 합니다. 이 요건을 충족하지 못하면 당초 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다.
3. 일시적 2주택·상속주택·지방저가주택은 1세대 1주택 특례를 볼 수 있습니다
사례 1. 기존 주택을 팔기 전에 새 아파트를 먼저 샀다면?
3년 이내 처분하지 못하면 경감받은 세액과 이자상당가산액이 부과될 수 있으므로, 신청 시점보다 사후관리까지 더 중요합니다.
사례 2. 상속으로 주택이 하나 더 생겼다면?
상속주택은 아래 어느 하나에 해당하면 특례 검토가 가능합니다.
② 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택
③ 상속지분 상당 공시가격이 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하인 주택
사례 3. 서울 1주택자가 지방에 공시가격 3.5억원 주택을 추가 보유했다면?
지방저가주택은 단순히 “지방에 있는 4억원 이하 주택”만으로 판단해서는 안 됩니다. 보도자료에는 수도권 일부 군지역, 수도권 밖 광역시의 군·읍·면, 도(道) 및 제주도 등 구체적인 지역기준이 제시되어 있습니다.
4. 올해 특히 눈에 띄는 부분: 부부 공동명의 1주택 특례
2026년부터 부부 공동명의 1주택 특례를 신청할 때 부부의 소유지분과 관계없이 공동소유자 간 합의로 납세의무자를 정할 수 있습니다.
공동명의 특례를 적용하지 않으면 부부가 각각 납세의무자가 되어 각각 9억원씩 기본공제를 적용받습니다. 반면 특례를 신청하면 1세대 1주택 방식으로 계산하면서 12억원 기본공제와 연령·보유기간에 따른 세액공제를 적용받을 수 있습니다. 연령·보유기간 세액공제는 합계 최대 80%까지 적용될 수 있습니다.
특례 미적용 → 부부 각각 9억원 기본공제
특례 적용 → 12억원 기본공제 + 연령·보유기간 세액공제 가능
따라서 어느 방식이 더 유리한지는 주택가격, 보유기간, 연령 등에 따라 달라집니다.
5. ‘세율 적용 주택 수에서 제외’는 비과세가 아닙니다
이번 자료에는 상속주택, 무허가주택 부속토지, 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택, 인구감소지역 및 인구감소관심지역 주택 등에 대해 세율 적용 시 주택 수 산정에서 제외할 수 있는 특례가 소개되어 있습니다.
여기서 중요한 점은 해당 주택이 종부세 과세대상에서 빠지는 것이 아니라는 것입니다. 3주택 이상자에게 적용될 수 있는 중과세율을 판단할 때 주택 수에서 제외하는 효과가 중심입니다.
소형 신축주택의 주요 요건
취득가액: 수도권 6억원 이하 / 수도권 밖 3억원 이하
취득기간: 2024.1.10. ~ 2027.12.31.
그 밖에 최초계약·최초입주 등 요건 확인 필요
6. 국세청이 제시한 ‘잘못 신고한 사례’가 더 중요합니다
이번 보도자료에는 실제 납세자가 잘못 신고·신청한 대표적인 사례가 함께 제시되어 있습니다. 세무실무에서는 오히려 이 부분을 체크리스트로 활용할 가치가 큽니다.
② 의무임대기간 전에 임대주택을 양도하거나 임대사업자 등록이 말소된 경우
③ 임대료를 5% 초과 인상했는데도 합산배제를 계속 적용한 경우
④ 주택신축용 토지를 취득한 뒤 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 경우
⑤ 멸실예정주택을 취득한 뒤 3년 내 멸실하지 못한 경우
⑥ 일시적 2주택 특례를 신청한 뒤 신규주택 취득일부터 3년 내 종전주택을 양도하지 못한 경우
특례는 신청 당시 요건만 맞으면 끝나는 제도가 아닙니다. 사후에 요건을 충족하지 못하면 경감받은 세액과 이자상당가산액까지 추가 납부할 수 있기 때문에 세무대리인 입장에서는 신청보다 사후관리까지 포함하여 관리할 필요가 있습니다.
7. 실무에서는 이런 고객부터 확인해 볼 수 있습니다
한 문장으로 정리하면
※ 본 글은 국세청 2026년 9월 10일 「종합부동산세 합산배제·과세특례 9월말까지 신고하세요」 보도자료를 바탕으로 작성하였습니다. 실제 적용 시에는 개별 주택의 취득시기, 소재지, 공시가격, 임대등록 여부, 보유기간 등 사실관계를 확인해야 합니다.
