임직원 할인판매 — 법인세에서는 익금, 부가가치세에서는 매출에누리?

COLLABO · TAX INSIGHT

​

회사가 시가 5,000만원인 자동차를 종업원에게 4,000만원에 판매했습니다. 종업원은 1,000만원의 할인혜택을 받았고, 회사는 실제로 4,000만원을 받았습니다.

​

그런데 이 거래를 세법으로 들여다보면 흥미로운 차이가 생깁니다. 법인세에서는 할인액 1,000만원을 사업수입금액에 포함하지만, 부가가치세에서는 일정 요건을 충족하면 매출에누리로 보아 공급가액에서 제외할 수 있기 때문입니다.

​

같은 할인액인데 왜 다르게 취급할까요? 이 이야기는 2024년 세법개정과 2025년부터 적용된 종업원 할인 과세체계에서 출발합니다.

​

​

01. 종업원 할인, 2025년부터 무엇이 달라졌을까?

2024년 말 소득세법 개정으로 자사·계열사의 재화나 용역을 할인받아 얻는 이익을 근로소득으로 명문화하고, 일정 요건을 갖춘 할인혜택에는 비과세 기준을 두었습니다. 이 과세·비과세 체계는 2025년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 적용됩니다.

​

회사가 제공하는 할인혜택을 종업원의 근로소득 측면에서 정리하면서, 회사 쪽에서도 할인액을 수익과 비용에 어떻게 반영할지 명확하게 할 필요가 생긴 것입니다.

​

이 개정은 자동차·전자제품처럼 자사제품 할인액이 큰 기업에서 특히 영향이 큽니다. 다만 특정 기업을 겨냥한 입법이었다고 단정하기보다는, 종업원 할인금액의 과세·비과세 기준을 정비한 제도로 이해하는 것이 적절합니다.

​

02. 법인세에서는 왜 할인액까지 익금으로 볼까?

회사 쪽에서 중요한 규정은 2025년 2월 28일 개정된 「법인세법 시행령」 제11조 제1호입니다. 일반적인 매출에누리나 매출할인은 사업수입금액에서 제외합니다.

​

그런데 내국법인이 생산·공급하는 재화나 용역을 임직원에게 시가보다 낮은 가격으로 판매·제공하는 경우에는, 그 판매·제공가액과 시가의 차액을 사업수입금액에 포함하는 구조를 두었습니다.

​

즉, 종업원에게 할인해서 팔았다는 이유로 회사가 실제 받은 판매대금만 법인세상 사업수입금액이 되는 것은 아닙니다. 시가와 할인판매가의 차액도 익금에 반영합니다.

​

여기서 함께 봐야 할 규정이 있습니다. 같은 시행령 제19조 제3호의3은 할인으로 임직원이 얻는 이익 상당액을 손비로 인정합니다. 수익에 더하는 규정과 비용으로 인정하는 규정이 함께 있는 것입니다.

​

​

따라서 할인액을 익금에 넣는다는 설명만으로 회사의 법인세 부담이 그만큼 늘어난다고 이해해서는 안 됩니다. 익금과 손금이 같은 금액으로 대응하면, 이 두 조정 자체가 법인세 소득금액에 미치는 순효과는 없습니다. 다만 세법상 사업수입금액에는 할인액이 포함된다는 점은 그대로 남습니다.

​

03. 5,000만원 자동차를 4,000만원에 팔았다면

회사가 생산·공급하는 자동차의 시가가 5,000만원이고, 공통적인 임직원 할인기준에 따라 종업원에게 4,000만원에 판매했다고 가정해 보겠습니다.

​

※ 아래 금액은 계산을 명확하게 하기 위해 부가가치세를 제외한 금액으로 가정합니다. 회계상 매출은 실제 판매가액으로 계상하고, 할인액에 대한 익금·손금 조정만 따로 살펴봅니다.

회사는 4,000만원을 받았지만, 법인세에서는 할인액 1,000만원을 더해 사업수입금액을 5,000만원으로 봅니다. 동시에 종업원에게 제공한 이익 1,000만원을 손금에 반영합니다.

​

따라서 위 표의 5,000만원은 사업수입금액입니다. 자동차의 원가나 다른 비용까지 차감해 계산하는 법인세 과세소득을 뜻하는 것은 아닙니다.

​

04. 그러면 부가가치세도 5,000만원을 기준으로?

이 구조를 보면 세무실무자 입장에서는 자연스럽게 다음 질문이 떠오릅니다.

실제 받은 금액은 4,000만원이지만 법인세상 사업수입금액은 5,000만원이므로, 부가가치세 신고에서도 그 차액을 더해야 하는지 궁금해지는 것입니다.

​

이는 법인세 개정 이후 생길 수 있는 실무상 의문을 설명한 것으로, 실제 유권해석 질의자의 질의 경위를 단정하는 뜻은 아닙니다.

​

앞서 검토한 뉴스레터의 2026년 5월 26일 재정경제부 유권해석 소개에 따르면, 공통 할인기준에 따른 임직원 할인액은 법인세법상 익금에 포함되더라도 부가가치세에서는 매출에누리에 해당할 수 있다는 취지입니다.

​

모든 임직원에게 공통적으로 적용되는 기준 등에 따라 할인한 경우, 그 할인액을 「부가가치세법」 제29조 제5항 제1호의 매출에누리로 보아 공급가액에서 제외할 수 있다는 것입니다.

​

위 자동차 사례에 이를 적용하면, 매출에누리 요건을 충족하는 할인액 1,000만원은 공급가액에 더하지 않습니다. 부가가치세 공급가액은 할인 후 금액인 4,000만원을 기준으로 보게 됩니다.

​

​

05. 같은 1,000만원을 세법별로 비교하면

​

이때 “일정 금액까지는 과세하지 않는다”는 기준을 법인세의 익금산입 예외와 혼동하기 쉽습니다. 시가의 20%와 연 240만원 중 큰 금액이라는 기준은 종업원 개인의 근로소득 비과세 한도에 관한 것입니다. [국세청 근로소득 안내]

​

숫자만 보면 위 사례의 할인액 1,000만원은 시가 5,000만원의 20%입니다. 다만 실제 근로소득 비과세 여부는 본인 소비, 재판매 제한 등 관련 요건과 연간 할인 내역을 함께 확인해야 합니다. 개인에게 비과세되는 할인액이라고 해서 회사의 사업수입금액에서도 자동으로 빠지는 것은 아닙니다.

​

06. 회사가 챙겨야 할 것은 할인제도의 기준과 기록

임직원 할인제도를 운영하는 회사라면, 누구에게 어떤 조건으로 얼마를 할인하는지 내부 규정으로 정리하고 실제 거래에도 일관되게 적용하는 것이 중요합니다.

​

첫째, 공통 할인기준을 문서로 남겨야 합니다. 할인 대상, 대상 제품, 할인율이나 금액의 산정방식, 구매한도 등을 확인할 수 있어야 합니다.

​

둘째, 시가와 실제 판매가액을 연결할 수 있어야 합니다. 시가 산정 근거, 할인 적용 내역, 판매대금 수령 자료를 함께 관리해야 할인액 계산과 세무처리를 설명할 수 있습니다.

​

셋째, 세목별 처리를 구분해서 확인해야 합니다. 회사의 법인세 익금·손금 조정, 종업원의 근로소득 및 비과세 검토, 부가가치세상 매출에누리 판단은 각각 확인할 사항입니다. 공통 할인규정이 있다는 사실만으로 모든 거래의 세무처리가 끝나는 것은 아닙니다.

​

이번 주제의 흥미로운 점은 하나의 할인액이 회사의 사업수입금액이면서, 임직원에게 제공한 이익에 대한 비용이고, 종업원에게는 근로소득이 되며, 부가가치세에서는 매출에누리가 될 수 있다는 것입니다. 법인세에서 할인액을 익금에 반영한 뒤에도 부가가치세는 그 법의 공급가액 규정에 따라 별도로 판단해야 하는 이유입니다.

​

관련 규정 및 출처

• 「법인세법 시행령」 제11조 제1호, 제19조 제3호의3 — 2025.2.28 개정 관련

• 「소득세법」 제20조 제1항 제6호 및 종업원 할인혜택 비과세 관련 규정

• 「부가가치세법」 제29조 제5항 제1호

• 국세청 개정세법 해설 자료: 임직원 할인금액에 대한 과세 합리화

• 국세청 근로소득 안내: 임직원 할인혜택

​

#임직원할인판매 #종업원할인 #법인세 #익금산입 #손금산입 #부가가치세 #매출에누리 #근로소득세 #세법개정 #세무실무

작성일 2026.09.19

Collabo Finance and Tax Consulting